Corte o músculo em cubos médios (cerca de 3 cm de espessura) e transfira para uma tigela.
Junte as folhas de tomilho, o louro e o vinho e deixe marinando na geladeira por, no mínimo, 2 horas. Você pode deixar desde a noite anterior, mas não pode ultrapassar 12 horas.
Com a marinada pronta, descasque e corte a cenoura em meias-luas grossas, de 1,5 cm. Lave, seque e corte o salsão em fatias da mesma espessura que as cenouras, na diagonal. Pique os dentes de alho fininhos.
Passe os cubos de carne por uma peneira grande (ou escorredor), pressionando bem para escorrer o líquido da marinada.
Reserve esse líquido e volte a carne para a tigela. Tempere-a com sal e pimenta a gosto, salpique farinha de trigo e misture com as mãos para envolver todos os cubos (essa técnica, chamada singer, engrossa o molho no cozimento).
Em uma panela grande (que tenha, no mínimo, 4 litros) em fogo médio, aqueça 1 colher (sopa) de azeite e doure a carne, em etapas, 2 a 3 cubos por vez, com calma e sem amontoar. Transfira a carne dourada para uma travessa.
Ainda em fogo médio, adicione o bacon e mexa até começar a dourar. Acrescente o alho, o extrato de tomate e mexa por 1 minuto. Regue com o líquido da marinada, a água e misture bem para dissolver os queimadinhos do fundo da panela.
Junte a cenoura e o salsão e volte a carne para a panela. Misture e tempere com sal e pimenta a gosto. Mantenha em fogo médio.
Quando ferver, abaixe o fogo e tampe parcialmente. Deixe cozinhar por 1 horas e 15 minutos, mexendo de vez em quando.
Enquanto isso, prepare as cebolas. Leve uma panela grande com água ao fogo alto, para ferver. Enquanto isso, corte e descarte as pontinhas de cada cebola pérola.
Assim que a água ferver, mergulhe as cebolas e deixe cozinhar por 3 minutos. Separe uma tigela com água e cubos de gelo.
Após os 3 minutos, com uma escumadeira transfira as cebolas para a tigela com água gelada e mantenha imersas por 2 minutos. Esse choque térmico cessa o cozimento e solta as cascas.
Com 1h15 de cozimento da carne, junte as cebolas descascadas inteiras ao ensopado e deixe cozinhar por mais 15 minutos, até que todos os ingredientes estejam macios.
Enquanto isso, utilizando um pano de prato úmido, limpe os cogumelos (evite lavar em água corrente, eles absorvem água e perdem sabor). Corte cada cogumelo em quartos.
A carne estando macia e o molho encorpado, junte os cogumelos e deixe cozinhar por mais 5 minutos. Desligue o fogo e sirva com os brotos de hortaliças.